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e-means:把 k-means 的 Lloyd 迭代換成小批次指數移動平均

Meta FAIR 的 e-means 怎麼用小批次指數移動平均更新 k-means 的質心、怎麼由資料量、群數與輪數算出批次大小和步長,作者測到的速度與誤差,以及使用前要知道的條件。

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Published: at 09:00 AM
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向量檢索建倒排檔索引(inverted file,IVF)時,要先用 k-means 把幾百萬到幾十億個向量分成幾千到上百萬群,查詢時只比對最近的幾群;向量量化的碼本(codebook)、大型資料集的整理(data curation),也常靠 k-means 分群。最常用的 Lloyd 演算法每次迭代都把全部資料指派給最近的質心(centroid),再把每個質心改成它那群的平均,所以一次迭代就要讀完整個資料集一遍。Faiss 預設跑 25 次迭代,也就是 25 輪(epoch,讀完整個資料集一遍算一輪)。資料到十億筆、群數到百萬時,這 25 輪就是主要成本。

e-means 每讀一小批資料就更新一次質心。每一群的點數和向量和用指數移動平均(exponential moving average,EMA)累積,步長照餘弦曲線遞減,批次大小和起始步長由作者擬合的縮放定律(scaling law,從大量訓練結果擬合出的冪次公式)依資料量 n、群數 k、輪數 T 算出,使用者不必調參。e-means 和 Lloyd 最小化同一個目標,也就是 k-means 的均方誤差,兩者的差別在更新規則和步長排程;把批次設成整個資料集、步長設成 1、不用餘弦排程,e-means 就退回 Lloyd。

這篇論文是〈e-means: outperforming k-means (in one-tenth the epochs)〉,2026 年 11 月 6 日上傳到 arXiv。作者七人:Swann Bessa、Pierre-Emmanuel Mazaré、Gergely Szilvasy、Hugo Touvron、Matthijs Douze、Hervé Jégou 在 Meta FAIR,David Picard 在法國國立路橋學校(École Nationale des Ponts et Chaussées),Bessa 也同時標了這所學校。Douze、Mazaré、Szilvasy 和 Jégou 也是 Faiss 函式庫論文的作者,程式碼就放在 Faiss 的 contrib/e_means,採 MIT 授權。Bessa 另外寫了一篇有互動示範的專案部落格。論文是預印本,還沒經過同儕審查,下文的數字都是作者自己測的,目前沒有第三方重現。

作者在多個嵌入向量資料集上,用 1.4 到 2.6 輪就讓測試誤差低於 Lloyd 跑 25 輪的結果。測試誤差是把沒參與訓練的點指派給最近的質心後,這些點到質心的平均平方距離;用訓練資料算的叫訓練誤差。e-means 在 GPU 上比 Flash-KMeans(論文稱為目前最先進的 GPU 實作)快 10 到 45 倍,最後的誤差也比較低,但差距在 1% 以內,e-means 的優勢主要在速度。以下我先說明它怎麼更新質心、怎麼決定批次與步長,再整理結果、用法和限制。

質心怎麼更新?

k-means 要找 k 個質心,讓每個點到最近質心的平均平方距離最小。e-means 替每一群 j 記兩個量:質量 NjN_j(加權累積的點數,舊的點會隨更新衰減)和向量和 SjS_j,質心就是兩者的比值。一批資料進來後,先把每個點指派給目前最近的質心,算出這批資料落在第 j 群的點數 njn_j 和向量和 sjs_j,再用衰減率 γ\gamma 更新:

Nj←γNj+(1−γ) nj,Sj←γSj+(1−γ) sj,cj=SjNjN_j \leftarrow \gamma N_j + (1-\gamma)\,n_j,\qquad S_j \leftarrow \gamma S_j + (1-\gamma)\,s_j,\qquad c_j = \frac{S_j}{N_j}

論文把 α=1−γ\alpha = 1-\gamma 叫做步長。程式碼用等價的寫法直接存質心:

cj←cj+α njNj′(sjnj−cj)c_j \leftarrow c_j + \frac{\alpha\, n_j}{N_j'}\left(\frac{s_j}{n_j} - c_j\right)

其中 Nj′N_j' 是更新後的質量,這條式子只用在這批有分到點的群。也就是說,質心朝這批資料在該群的平均移動一段距離,比例是這批點數在新質量裡占的份量。這一批沒有分到點的群,NjN_j 和 SjS_j 都乘上 γ\gamma,質心不動,質量照樣衰減;一直分不到點的群,質量會越來越小,後文判斷死群(一直分不到點的群)就用這個質量。初始化時質量設得極小(論文是 10−1010^{-10},程式是 2−162^{-16}),隨機挑出的初始質心幾乎沒有權重,前幾批資料進來後,質心就由實際資料決定。

和另外兩種更新規則對照:Lloyd 每次都用整個資料集重算,Sj←sjS_j \leftarrow s_j、Nj←njN_j \leftarrow n_j,質心就是目前指派到它的點的平均。MacQueen 在 1967 年提出、後來的小批次方法多半沿用的規則則一直累加,Sj←Sj+sjS_j \leftarrow S_j + s_j,早期質心還很差時的指派也一起留在平均裡。EMA 以 α\alpha 的速度忘掉舊的指派,質心主要反映新近幾批的指派。這條規則原本用在 VQ-VAE(用碼本把連續表示量化成離散代碼的自編碼器)的碼本學習,那裡的碼本要追蹤一直在移動的分佈;作者把它搬到固定資料集上,並加上後面幾個元件。

步長和批次大小怎麼決定?

步長照餘弦曲線遞減,從第一次更新的 α0\alpha_0 降到最後一次的 0.1 α00.1\,\alpha_0:

α(t)=α0(ε+(1−ε)⋅12(1+cos⁡(πt/M))),ε=0.1\alpha(t) = \alpha_0\left(\varepsilon + (1-\varepsilon)\cdot\tfrac{1}{2}\bigl(1+\cos(\pi t/M)\bigr)\right),\qquad \varepsilon = 0.1

tt 是第幾次更新,M=T⌊n/B⌋M = T\lfloor n/B\rfloor 是總更新次數。作者拿它和在驗證集上挑出的最佳固定步長比,在 8 組設定上,訓練誤差都低 0.26% 到 1.29%,測試誤差多半也比較低。

批次大小 BB 和起始步長 α0\alpha_0 由兩條縮放定律算出:

B=cB kbk nbn TbT,α0=min⁡(cα kak BaB nan TaT, 1)B = c_B\, k^{b_k}\, n^{b_n}\, T^{b_T},\qquad \alpha_0 = \min\left(c_\alpha\, k^{a_k}\, B^{a_B}\, n^{a_n}\, T^{a_T},\ 1\right)

批次的縮放定律有兩版:吞吐量版求每秒處理的資料量,品質版求較低的誤差,兩版只差常數。論文表 2 的係數如下(程式碼存了更多位數,四捨五入後相同):

縮放定律常數k 的指數B 的指數n 的指數T 的指數
起始步長 α0\alpha_00.824−0.460.90−0.45−0.11
批次 BB,吞吐量版(throughput)0.0350.13—0.880.81
批次 BB,品質版(quality)0.00440.13—0.880.81

BB 最後四捨五入到最近的 2 的冪次。批次的縮放定律擬合的目標是「膝點」:驗證誤差還在最低點 0.2% 以內的最大批次,批次再大,品質就掉得很快。從指數看,批次隨資料量和輪數增加,接近正比(指數 0.88、0.81);起始步長則隨批次變大(指數 0.90)。兩條縮放定律只用 DEEP 一個資料集(96 維的影像嵌入)擬合,共約 7.5 萬次訓練,涵蓋 n 從 10510^5 到 10810^8、k 從 256 到 65,536,且每群平均至少 8 個點。拿 SIFT、SPACEV 和 VIBE 的 arXiv、AG-News 四個沒參與擬合的資料集來測,照縮放定律設定比起逐一找出的最佳設定,誤差的中位數只多 0.07%(步長)和 0.19%(批次)。

品質版的常數是吞吐量版的八分之一,批次約小八倍,更新次數多八倍。論文的主要實驗在 n 超過 200 萬時改用品質版,理由是在那個規模下,批次小一點,吞吐量也差不多。程式碼的預設 batch_law="auto" 則依維度選:維度 d 不超過 16 時用品質版,否則用吞吐量版。程式註解說明了理由:在 3 萬組合成資料的設定裡跑 3 輪,d ≤ 16 時改用吞吐量版,e-means 贏過 Lloyd 跑 25 輪的比例會少 11 到 20 個百分點。論文也說明,這兩條縮放定律是為較高維的資料調的,用在維度很低又很小的資料集上不是最佳。

沒有點的群怎麼辦?

小批次 k-means 常見的毛病是死群(dead cluster):某個質心分不到任何點,之後也一直分不到,等於浪費一個碼本位置。e-means 每 5 個批次檢查一次,質量低於平均質量 0.1 倍的群就算死群。處理方式沿用 Faiss 的 k-means:每個死群從活著的群裡分到一個「捐贈群」,捐贈群依質量比例、不重複地抽出;把它的質心乘上兩組正負交錯的微小擾動,變成兩個略有差異的質心,一個留給捐贈群、一個給死群,兩者各分到一半的質量。這樣做不必重新處理那一群的點,成本固定;兩個新質心對稱地落在原質心兩側,所以兩群的分界穿過原質心。擾動的大小,論文說是 BF16 的機器精度,程式碼用 10−410^{-4}。

維度 d ≤ 2 時,這項處理預設關掉。程式註解記錄的測試是:在 foursquare 和 geonames 兩個二維資料集上,關掉它讓測試誤差的中位數低了 7% 到 10%(36 組成對實驗,各跑 3 輪);到 d = 3 和 d = 14 就沒有差別。

最後一輪怎麼收尾?

最後一輪訓練時,e-means 記下每個點被指派到哪一群,訓練結束後,把每個質心換成最後一輪指派給它的點的平均;最後一輪一個點都沒分到的質心留在原位。這一步重用已經算好的指派,幾乎不花時間,論文說它保證會降低訓練誤差,在消融實驗裡少了它,訓練誤差高 0.14%。論文另外提供「慢速 EMA」收尾,用更慢的衰減另外累積一份質心,訓練誤差稍差、測試誤差較低,適合在意模型對沒見過的資料表現如何的應用。

這些指派是在質心還在移動時做的,所以 train 回傳的標籤不一定是每個點最近的最終質心。README 說,要精確的最近質心,就對訓練資料再呼叫一次 assign;不過在固定的計算預算下,跑 T 輪直接用回傳的標籤,比跑 T−1 輪再花一輪的計算做 assign 好。

為什麼用 EMA,不用梯度下降?

Bessa 在部落格交代,這個專案的起點是 Touvron 和 Jégou 先前在 FAIR 的發現:用梯度下降做小批次 k-means,可以贏過 Lloyd。Bessa 重現了這個結果,但發現步長大時,梯度下降的更新不穩定,EMA 則沒有這個問題。部落格的實驗用大批次(DEEP 100 萬筆、SIFT 1,000 萬筆,16,384 群,5 輪),各自挑最佳步長,梯度下降最後的測試誤差仍比 EMA 高 1.6%(DEEP)和 0.4%(SIFT)。論文附錄拿 Adam、SparseAdam 和 SGD 比,結論類似:批次小時大家差不多,批次大時其他優化器都明顯變差;大批次在現代硬體上跑得比較快,所以作者選了 EMA。

原因 Bessa 只說是推測:EMA 的質心永遠落在指派給它的點的凸包(包住這些點的最小凸集合)裡,梯度下降的一步卻可能跑出凸包。

Lloyd 落在這族方法的哪裡?

把批次設成整個資料集(B=nB = n)、步長設成 α=1\alpha = 1、不用餘弦排程,更新後的 NjN_j 和 SjS_j 就正好是整群的點數和向量和,一次 e-means 更新等於一次 Lloyd 迭代。

部落格放了一張超參數掃描圖:DEEP 100 萬筆、1,024 群、5 輪,步長固定不排程,好讓 Lloyd 剛好是其中一格。誤差最低的區域沿著一條對角帶分布,批次越大,需要的步長也越大;Lloyd 落在全批次、步長 1 的角落,離那條帶子很遠。Bessa 據此認為,在這組掃描裡,Lloyd 是很差的一組設定,e-means 的縮放定律就是要自動挑到帶子裡的設定。

作者測到什麼結果?

輪數的範圍在論文和部落格出現好幾次,條件各不相同,以下分開列。

摘要的「1.4 到 2.6 輪」來自論文表 4:DEEP、DINO10B、SPACEV、SimSearchNet++ 四個資料集,各在四種規模(100 萬筆 16,384 群、1,000 萬筆 65,536 群、1 億筆 262,144 群、10 億筆 1,048,576 群)下,e-means 每次多跑 0.2 輪,直到測試誤差低於 Flash-KMeans 跑 25 輪的結果。對應的實際時間加速是 9.5 到 45.5 倍,摘要寫成 10 到 45 倍。規模越大,倍數越高:100 萬筆時是 9.5 到 12.9 倍,10 億筆時是 21.2 到 45.5 倍。1 億筆以下用一張 H100、取 10 個隨機種子的中位數;10 億筆用 8 張 GPU,只跑一個種子。部落格的說法更寬,寫「在大範圍的規模與資料集上」需要 1.2 到 3 輪,CPU 上比 Faiss 快 8 到 15 倍。

VIBE 基準的 11 個資料集(文字、程式碼、影像和多模態嵌入,維度 200 到 3,072,群數 8,192 或 16,384,每個 20 萬到 148 萬筆)另外測過一次。部落格的圖說寫每個資料集需要 1.6 到 2.4 輪(5 個種子的中位數);論文附錄表 11 用 20 個種子,範圍是 1.6 到 2.6 輪,GooAQ 需要 2.6 輪。同一張表裡,GPU 上對 Flash-KMeans 快 8.0 到 22.8 倍,CPU(64 個實體核心)上對 Faiss 快 9.0 到 15.0 倍。這些資料集不大,GPU 上 e-means 只花 0.03 到 0.16 秒,Flash-KMeans 是 0.49 到 1.77 秒;CPU 上則是 3.3 到 29.3 秒對 36.7 到 274.0 秒。

倍數也要看拿誰比:部落格說,在一張 H100 上分 1,000 萬筆、65,536 群,用單純的 PyTorch 寫 Lloyd(資料放在 GPU、BF16)跑 25 輪要 142 到 155 秒,Flash-KMeans 只要 14 到 22 秒。也就是說,Flash-KMeans 本身就比單純的實作快好幾倍,e-means 在這個規模對 Flash-KMeans 再快 19.2 到 27.8 倍(表 4)。

規模最大的實驗是作者新做的 DINO10B:100 億個 DINOv3 影像區塊嵌入(1,024 維,以位元組量化)。e-means 把它分成 2242^{24}(約 1,678 萬)群,2.5 輪就低於 Lloyd 跑 25 輪的測試誤差。這個規模下,作者把質心建成 IVF 索引,每個點只和最近的幾群裡的質心比對,不再和每個質心算距離。達到同樣誤差,精確指派要 779 GPU 小時,IVF 指派只要 22.8 GPU 小時,不到一個 GPU 天。

誤差本身的差距小得多。論文表 5 的 8 組設定裡,e-means 跑 3 輪就低於隨機初始化的 Flash-KMeans 跑 25 次迭代。以 DEEP 100 萬筆、16,384 群為例,e-means 跑 5 輪的測試誤差是 0.38692,Flash-KMeans 跑 25 次是 0.38926,低約 0.6%(表 5 的 DEEP 以 10−110^{-1} 為單位,寫成 3.8692 和 3.8926)。對手改用 k-means++ 初始化時,e-means 跑 5 輪仍然比較低,但差距縮到 0.06% 到 0.33%。

各個元件裡,死群處理影響最大。在 DEEP 100 萬筆、16,384 群、3 輪的消融實驗裡,關掉它,訓練誤差高 2.97%、測試誤差高 2.24%;拿掉餘弦排程、收尾等其他元件,影響都不到 0.3%。論文附錄表 14 比了三種死群處理方式,部落格也轉載了這張表:e-means 的分割、從當前批次隨機抽一個向量填回死群(神經音訊編碼器 EnCodec 的做法),以及關閉。條件是 100 萬筆、16,384 群、5 輪,取 5 個種子的平均;最後分到不到 10 個點的群算死群。群大小不均度衡量各群大小有多不平均,1 表示每群一樣大。論文沒有寫計算方式;程式碼的訓練統計把它算成 k∑jnj2/n2k\sum_j n_j^2 / n^2,也就是各群點數平方和相對於平均分配時的倍數,表中的數字應該是同一個量。DEEP 的 e-means 列 0.38762 和前面表 5 的 0.38692 是同一組設定,差別來自種子數和統計方式(這裡是 5 個種子的平均,表 5 是 10 個種子的中位數)。

資料集處理方式死群數占碼本群大小不均度測試誤差
DEEP依質量比例分割(e-means)470.3%1.1940.38762
DEEP從批次重新抽樣2,34314.3%1.4230.39124
DEEP關閉4,31326.3%1.6470.39448
SIFT依質量比例分割(e-means)100.1%1.1860.19623
SIFT從批次重新抽樣7504.6%1.2330.19684
SIFT關閉2,08012.7%1.4040.19797

最後,作者用四個玩具資料集比較兩者卡在局部極小值的機率,每個各跑 200 個起點,e-means 用 256 筆的小批次。部落格說的「卡住」,在第 1、3、4 例指最後停在它描述的錯誤配置;第 2 例改算最後誤差高出 1% 以上的起點,部落格沒有寫是和哪個解比:

作者的解釋是,小批次的更新比較嘈雜,比較會四處探索,跳得出局部極小值;Lloyd 的誤差每一步都下降,找到一個局部極小值就待在那裡。這些結果都來自玩具資料集。

怎麼用?

部落格給的最短用法如下,x 是 PyTorch 張量;資料是 NumPy 陣列時改用 NumpyEmeans:

from faiss.contrib.e_means import Emeans # NumpyEmeans for NumPy
em = Emeans(d, k, nepochs=T) # T epochs (5 by default)
centroids, labels = em.train(x) # x: a PyTorch tensor (n, d)
# labels: each vector's cluster in the last epoch

除了輪數 nepochs(預設 5),其他超參數都有預設值,主要由前面的縮放定律算出。README 寫明了幾個執行條件:

安裝要注意版本。e-means 在 2026 年 11 月 2 日才合進 Faiss 的 main 分支,PyPI 上最新的 faiss-cpu 是 9 月 16 日發布的 1.15.1,那個版本的原始碼裡還沒有 contrib/e_means。README 寫「pip install faiss-cpu 就夠了」,但在下一個版本發布前,要從 GitHub 的 main 分支取得這部分程式碼。

用之前要知道哪些限制?

參考資料

註釋

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關於語音摘要

此語音摘要由 Google NotebookLM 提供,不完全代表作者本人對文章的理解。